公司不承认学历可能引发后续法律风险，以下是需重点关注的风险点及实例说明。
1. 劳动合同无效风险：若员工学历造假，公司不承认后可依据《劳动合同法》第二十六条主张合同无效。例如：小王入职时提供虚假本科证书，公司查验后不承认并解除合同，小王因合同无效无法获得经济补偿金。
2. 职业发展受阻风险：若公司不承认合法学历（如非全日制硕士），员工可能错失晋升机会或薪资调整。例如：小李持有自考本科证书，公司以“非全日制”为由拒绝其晋升主管，导致小李职业发展受限，且若公司制度无明确规定，小李可主张平等就业权被侵害，但需举证证明学历与岗位要求匹配。
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公司不承认学历的处理结果可能受特殊情况影响，以下是常见例外情形及对处理的影响。
1. 公司与员工事先约定“仅承认特定院校学历”：若员工入职时，公司明确告知“仅承认985院校学历”且员工签字确认，公司不承认非985学历具有合理性。此时员工无法主张歧视，因双方已达成有效约定。
2. 学历因历史原因未上网认证：部分 older 学历（如2001年前的中专学历）未在学信网备案，公司可能因无法验证而不承认。此时员工需到原毕业院校开具纸质学历证明并经教育部门盖章，若无法提供，可能导致公司无法认可，需通过协商解决。
3. 公司因岗位特殊性不承认相关学历：若岗位要求“医学专业全日制本科”（如临床医生），员工持有非全日制医学学历，公司不承认具有正当性。因非全日制学历可能不符合执业资格要求，公司基于岗位合规性不承认是合理的。
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为支撑答案1的结论，需结合具体法律依据分析公司与员工的权利义务边界。
根据《中华人民共和国劳动合同法》（2008年1月1日起施行）第八条规定：“用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。”

本案中，学历属于“与劳动合同直接相关的基本情况”，公司有权查验学历真实性；但若员工提供的学历是国家认可的（如教育部备案的非全日制学历），公司无正当理由不承认，则违反该条隐含的“用人单位不得歧视合法学历”原则。若员工学历造假，公司不承认具有合法性；若学历合法但公司单方不认可，员工可主张公司违反法律规定。
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针对您提出的“公司不承认学历”问题，首先需要明确核心结论并区分不同情况。
公司是否有权不承认学历需结合具体情形判断，核心在于学历的合法性及公司查验目的的正当性。

1. 若员工学历系伪造或虚假提供：公司有权基于员工违反如实告知义务不承认该学历，甚至可能据此解除劳动合同。
2. 若员工学历为国家认可的非全日制学历（如自考、成考等）：公司以“非全日制”为由单方面不承认学历，可能违反平等就业原则。
3. 若公司以“审核标准不一致”为由不承认（如对同一学历的认证要求超出官方规定）：需判断公司审核标准是否具有合理性与一致性。

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